ההיסטוריה של מוצא המינים החלה זמן רב לפני היום שבו הספר יצא לאור.

צ'רלס רוברט דרווין (Darwin), ילדם החמישי ובנם השני של רופא אמיד בשם רוברט וֵרִינְג דרווין ורעייתו סוזאנה וֶדג'ווּד, נולד בשְרוּסְבְּרִי בפברואר 1809. משפחתו מילאה תפקיד מוביל בחברה המהוגנת של ערי השדה והרבתה לבקר קרובי משפחה, להשתתף במפעלי צדקה מקומיים ולצאת לחופשות בנופים המרהיבים של חופי וֵיילס. למרות שאמו מתה כשהיה בן שמונה, דרווין זכר את ילדותו המוקדמת כתקופה מאושרת מאוד. באוטוביוגרפיה שלו סיפר כי הוא זוכר רק מעט מאוד דברים על אמו או על מותה, אולי מפני ששלוש אחיותיו הבוגרות טיפלו בו בחיבה אימהית גדולה. עד כמה שאפשר לראות, האירוע המרכזי הזה של ילדותו לא הותיר בו עקבות של בעיות פסיכולוגיות ממשיות.

הוא היה ככל הנראה נער נעים-הליכות, שאהב יותר מכל לבלות עם חבריו ועם משפחתו, רחש חיבה גדולה לכפר ולסביבותיו, ונהנה לקרוא מיגוון גדול של ספרים ולהאזין למוזיקה. הוא גם זכה לקבל אהבה רבה מסביבתו: כל כתבי-היד הזמינים כיום בספריות ובארכיונים, בכל רחבי העולם, מאשרים כי למרות המחלות והמחלוקות העתידות לייסר אותו, הוא היה אדם חביב, חברותי ונוח לבריות, בעל כישרון לקשור קשרי ידידות ולקיים אותם לאורך זמן, וגם לחיות באהבה ובאושר עם רעייתו עד יומו האחרון.

אחד מסביו היה המשורר והרופא אֶרַסְמוּס דרווין, מחלוצי ההגות האֶבוֹלוּציוֹניסטית. סבו מצד אמו היה יצרן כלי החרס הנודע ג'וֹזַאיָה וֶדג'ווּד. שניהם תרמו תרומות משמעותיות למהפכה התעשייתית והיו שותפים מרכזיים בפריחה האינטלקטואלית המרשימה של המאה השמונה-עשרה. עץ משפחה מפואר כל-כך אינו יכול שלא לעורר תשומת-לב, והיסטוריונים רבים נוהגים לייחס לפחות חלק מגאונותו של דרווין לאותם שני אישים. אך מבחינת תכונות האופי לא היה כל דמיון בינו לבין איש מהם, פרט לעובדה שגם הוא צמח באווירה משפחתית אינטלקטואלית, מדעית וחופשית. עם זאת, יש חשיבות לא מבוטלת לעובדה שדרווין היה דור שלישי לעושרה של משפחת וֶדג'ווּד. הצירוף המאוד-מודרני הזה של אמידות יצרנית, מעמד חברתי נכבד, ספקנות דתית ועושר תרבותי קנה לדרווין מקום קבוע בשורות מעמד הביניים הגבוה וגם הבטיח לו סיכוי לירושה נאה – שני גורמים שהשפעתם ניכרה מאוד בהישגיו לעתיד לבוא. אפשר לומר שהוא נולד לחוגי האינטליגנציה הבריטית שנהנתה מביטחון כלכלי.

משנת 1818 עד שנת 1825 למד דרווין בבית-הספר של שְרוּסְבְּרִי (בית-ספר פרטי לנערים). בהיותו נער התעתד להיות רופא, ולפעמים התלווה לאביו בביקורי החולים שלו. הוא אהב ללקט דגימות מן הטבע. בבית-הספר גילה חיבה ללימודי הכימיה, והוא ואחיו הגדול אֶרַסְמוּס הקימו בבית מעבדה קטנה שבה ערכו ניסויים בימי החופשה. נטיות כאלה היו די אופייניות לצעירים במעמדם החברתי ובתקופתם, אך הן מגלות את ראשיתה של ההתפעמות המתמשכת של דרווין מן המדע ומעולם הטבע. בדומה לנערים רבים אחרים אהב גם הוא לשוטט בשדות. המסמכים שנשתמרו מאותם ימים מלמדים כי המיבנה הקלסי הקשוח של חינוך הבנים באותם ימים לא היה המקום שבו היה מסוגל לפרוח.

תפנית מרגשת הסתמנה בחייו בשנת 1825, כשאביו החליט להוציא אותו – בגיל צעיר יחסית – מבית-הספר הפרטי ושלח אותו ואת אחיו אֶרַסְמוּס ללמוד רפואה בבית-הספר לרפואה של אֶדינבּוֹרוֹ. באותם ימים היה נהוג הֶסדר לימודים הרבה פחות פורמלי מן המקובל היום: הסטודנטים שילמו שכר לימוד לכל קורס רפואי שנדרש להם – אנטומיה, מיילדוּת, תרופות, רוֹקחוּת. הסדר זה איפשר לאנשים צעירים מאוד ללמוד באוניברסיטה קורסים בודדים, ורק לאחר מכן להשקיע את מרצם בלימודים רציניים. דרווין בן השש-עשרה החל אומנם את לימודיו בחריצות רבה, אך המציאות של הרפואה בתחילת המאה התשע-עשרה לא נעמה לו. שני ניתוחים "גרועים מאוד", אחד מהם של ילד, שיכנעו אותו כי לעולם לא יצלח להיות רופא (באותם ימים ההרדמה עדיין היתה חזון רחוק), והוא עזב את הלימודים בשנת 1827.

אלא שבאותה תקופה קצרה נחשף דרווין להשפעות המעצבות ביותר של תקופת בחרותו, והן המשיכו ללוותו עד סוף חייו. הביוגרפים נוהגים לחזור אל השנים שעשה דרווין באֶדינבּוֹרוֹ מתוך תחושה ברורה שכל זרעי חשיבתו המאוחרת טמונים שם – ובמידה רבה הצדק עימם. אוניברסיטת אֶדינבּוֹרוֹ היתה המרכז המוביל ללימודי מדע ורפואה בבריטניה. היא היתה מעודכנת במחקר המדעי שנעשה באותם ימים באירופה והציעה קורסים בכל ההיבטים של המדע המודרני, הן בתוך האוניברסיטה והן מחוצה לה. דרווין נרשם לשיעורי הכימיה של תומאס הוֹפּ ולקורס לתולדות הטבע של רוברט ג'יימסון, קורס שנתמך גם במוזיאון משובח לתולדות הטבע. דרווין אהב מאוד לבקר במוזיאון והכיר שם את מפַחלֵץ הבית, עֶבד משוחרר בשם ג'ון אֶדמוֹנסטוֹן שהגיע לסקוטלנד מאיי הודו המערבית, וממנו למד את אמנות פיחלוץ הציפורים. שעות רבות ונעימות בילה גם בחברת האוֹצֵר ויליאם מֶקגִילִיווְרֵיי, שאיתו שוחח ארוכות על צדפים ועל ציפורים. בקורס של ג'יימסון פגש לראשונה את מדע הגיאולוגיה והתוודע אל המחלוקות שניטשו באותם ימים בשאלות ההיסטוריה של כדור-הארץ ותיעוד המאובנים – אם כי לדבריו שנא את ההרצאות היבשושיות והמשמימות של ג'יימסון ונשבע שלא יחזור לעולם לעסוק בתחום זה.

דרווין גם עשה עבודה מעשית רבה משל עצמו בתחום הטבע. הוא הצטרף לחברה הפְּלינית – אגודת סטודנטים קטנה שבמסגרתה פגש לראשונה את רוברט גראנט, מרצה כָריזמָטי בבית-הספר לרפואה, שגילה נטייה ואהדה לאנטומיה ההתפתחותית ולהשקפות האבולוציוניות שהגיעו אז מצרפת. בהנחיית גראנט החל דרווין לערוך תצפיות ביצורים ימיים רכי-גוף מן הים הצפוני, וגילה את תגליתו המדעית הראשונה: הוא מצא כי ה"ביציות" של המין Flustra, היוצרות מעין שטיח צף גֶ'לַטיני, לאמיתו של דבר אינן ביציות כלל אלא זחלים השׂוחים באופן חופשי. התגלית הוכרזה ברבים בפגישת החברה הפלינית ב-27 במרס 1827.

גראנט פתח לדרווין אופקים חדשים ורחבים. הוא הכניס אותו לחוגים המדעיים של אֶדינבּוֹרוֹ ועודד אותו להרחיב את תחומי העניין שלו בחקר הטבע. ממנו רכש דרווין את הסקרנות שעתידה מעתה והלאה ללַוות אותו בשאלת ה"היווצרות" (תהליכי רבייה מיניים ואל-מיניים) והאֶמְבְּריוֹלוֹגיה של חסרי-חוליות כמו רַכּיכוֹת, ספוֹגים ופּוֹליפּים. גראנט גם עודד את דרווין לקרוא את ספרו של לַמַארְק (Lamarck) מערכת בעלי-החיים חסרי-החוליות (System of Invertebrate Animals, 1801), ויום אחד פצח בשיר הַלל להשקפותיו של לַמארק בנושא הטְרַנסמוּטַציָה (המכונה גם טְרַנספוֹרמיזם; המלה "אבולוציה" עדיין לא נכנסה אז לשימוש). דרווין זכר כי הקשיב לו, אך למיטב זיכרונו הדברים לא עשו עליו רושם עמוק. אלא שהוא הספיק כבר אז לקרוא את ספרו של סבו על חוקי החיים והבריאות, זוֹאוֹנוֹמיה (Zoonomia, 1796-1794), שפרק קצר מתוכו כלל תיאוריית התפתחות שהזכירה מאוד את תורתו של למארק. אומנם, אֶרַסְמוּס דרווין ולמארק כבר לא היו אז בין החיים עשרות שנים, אבל הם לא נחשבו מיושנים. בשנות העשרים של המאה התשע-עשרה הם זכו להערכה רבה מצד הוגים רדיקליים חשובים, בזכות התיאוריות הביולוגיות שלהם ובמיוחד בזכות רעיונותיהם בתחום הטרַנסמוּטַציוֹת. רעיונות אלה בצורתם המעודכנת שימשו את גראנט כבסיס לתפיסה שעל-פיה הספוגים הם היצורים הבסיסיים שמהם התפתחו כל צורות החיים האחרות, ומשם התקדמו ויצרו את העץ האבולוציוני. דרווין עזב אפוא את אֶדינבּוֹרוֹ כשאופקיו האינטלקטואליים רחבים הרבה יותר מן המקובל אצל צעירים בני גילו. הוא כבר עמד על ערכן של שאלות נשגבות בדבר מוצא וסיבות, ונתקל באופן ישיר בהסברים אֶבוֹלוּציוֹניסטיים על דפוסי חיים, אם כי אין יסוד להאמין שכבר אז הפך לאֶבוֹלוּציוֹניסט.

אביו של דרווין לא היה מרוצה משינוי הכיוון שהסתמן אצל בנו. זמן קצר לאחר מכן, אחרי כמה ויכוחים קצרים בבית וחזרה קדחתנית על כל הלטינית והיוונית שהספיק לשכוח מאז לימודיו בבית-הספר, החל דרווין ללמוד בכְּרַייסְט קולג' שבאוניברסיטת קיימברידג' לקראת קבלת תואר כומר – הצעד המקובל הראשון לקראת הצטרפות לשורות הכמורה האנגליקנית. משפחתו לא היתה אומנם דתית במיוחד, אך בתקופה הוויקטוריאנית נחשבה ההצטרפות לכנסייה מסלול מקובל לקראת רכישת מקצוע מכובד בשורות מעמד הביניים, וכמה וכמה אנשים בחוגי משפחות דרווין וּוֶדג'ווּד היו אנשי כהונה מצוינים במחוזות הכפריים. ברוח המסורת שקבע הכומר גילברט וייט, מחבר הספר תולדות הטבע של סֶלבּוֹרן (The Natural History of Selborne), צעירים בעלי מעמד חברתי הולם והשכלה מתאימה יכלו לצפות למצוא מישרת כהונה נוחה בקהילה כפרית, שתאפשר להם שפע של פנאי למחקר עצמאי בתחום הטבע או לפעילויות שונות בחיק הטבע.

לימים כתב דרווין באוטוביוגרפיה שלו כי הרעיון להיות לכומר היה בהחלט לרוחו, גם אם ניקרו בליבו ספקות דתיים חולפים. הוא היה מודע היטב לאירוניה שבדבר. "לאור ההתקפות החריפות שספגתי מצד אנשי הדת", כתב, "מגוחך לחשוב שפעם הועדתי את עצמי להיות איש כהונה". אביו טבע בו ככל הנראה את הרעיון שהאדם צריך לָבוֹר לו משלח-יד מהוגן: הוא לא יכול להרשות לעצמו להסתמך מבחינה כלכלית על הכנסה פרטית מירושה בלבד. "לך איכפת רק מרוֹבים, כלבים וציד-חולדות, ועוד תמיט חרפה על עצמך ועל משפחתך כולה", אמר פעם ד"ר דרווין, למרבה הכלימה של בנו. אם לא הרפואה, כי אז הכנסייה היתה עכשיו הנושא המרכזי בשיחותיהם.

 

השנים שעשה דרווין באוניברסיטת קיימברידג' עתידות להיות משמעותיות מאוד להמשך חייו, אם כי לא בדיוק כפי שציפו הוא או אביו. ההיסטוריונים של המדע נוהגים לסרוק בקפדנות את חוויותיו משם כדי למצוא ולוּ רמז קל-שבקלים לדברים שעתידים היו להעסיק אותו בהמשך. מוסכם על כולם כי הסביבה האקדמית שבה חי בקיימברידג' היתה שונה מאוד מן הסביבה שאותה הכיר באֶדינבּוֹרוֹ, וכי היתה חשיבות מכרעת להחלפת המסגרת הרפואית הקפדנית והצוננת בנאות הדשא התיאולוגיים השופעים של קיימברידג'. למען האמת אפשר לתאר את הישגיו העתידיים של דרווין כמזיגה של הרעיונות שקלט באדינבורו ובקיימברידג' – שתי מסורות שהתחככו זו בזו והתיזו ניצוצות בדמות תובנות חדשות. בקיימברידג' הצטרף דרווין לאליטה החברתית והאינטלקטואלית העתידה לשמש לו סביבה טבעית עד סוף ימיו, וקשרי הידידות שקשר שם האריכו ימים. החשובים ביותר בין ידידיו החדשים היו ג'ון סטיבנס הֶנְסְלוֹ (Henslow, 1861-1796), פרופסור צעיר לבוטניקה, ואדם סֶדְגְ'וויק (Sedgwick, 1873-1785), פרופסור צעיר לא פחות לגיאולוגיה. הוא התוודע שם גם אל המדען-הפילוסוף ויליאם יוּאֶל (Whewell) ואל הנטורליסט-הכומר לֶנארד גֶ'נינְס (Jenyns). ידידו האישי הקרוב ביותר היה בן-הדוד, ויליאם דרווין פוֹקס (Fox), שגם הוא הועיד את עצמו להיות כומר. במהלך שני סמסטרים חלקו השניים דירה משותפת, וכן כמה חובות כספיים וכלב.

שלוש שנים נפלאות עברו על דרווין בקיימברידג'. הדרישות הלימודיות לא היו תובעניות ביותר והותירו לו די זמן לעסוק במחקרי טבע משל עצמו. בחברת בן-הדוד פיתח חיבה עזה לאֶנטוֹמוֹלוֹגיה (מדע החרקים), והידע שצבר במיון חיפושיות היה כל-כך מקיף, עד שלמרות היותו חובב הוא תרם מידיעותיו למחברו של ספר לימוד מוסמך בתחום זה. הוא צד שועלים ועופות בר, החליף עם ידידים דגימות שמצא בחיק הטבע, שיחק קלפים ונהנה מהחיים בחברת חוג רחב של מכרים. לימים כתב על כך באוטוביוגרפיה שלו: "נקלעתי לחברה של בליינים, בהם כמה צעירים הוללים ונקלים. פעמים רבות סעדנו יחד בערבים, אם כי באותן סעודות השתתפו גם אנשים מדרגה גבוהה יותר, ולפעמים הפרזנו בשתייה ואחר-כך שרנו שירי הוללות ושיחקנו קלפים. אני יודע שעלי להתבייש על הימים והערבים האלה שבוזבזו לריק, אבל הואיל וכמה מחברי נעמו לי עד מאוד ומצב רוחנו היה מרומם, אינני יכול אלא להיזכר באותם ימים בעונג רב".

מבחינת הדרישות האקדמיות, מעֵבר למה שנאלץ דרווין להתמודד עם קורסי החובה במתמטיקה, לימודים קלסיים ותיאולוגיה, הוא גם נכח בהרצאות של הֶנסלוֹ על בוטניקה וכן (בשנת לימודיו האחרונה) בקורס ההרצאות הכלליות של סֶדג'וויק על גיאולוגיה. ככל הנראה הוא מצא מאוד חן בעיני הֶנסלוֹ, שאולי זיהה בו את ההבטחה לעתיד, וכך הוזמן למסיבות ערב בביתו, שם פגש כמה מן האישים הבולטים ביותר באוניברסיטה. על-פי עצתו של הֶנסלוֹ הִרבּה דרווין לקרוא, ולימים סיפר כי הושפע מאוד מן הספרים דיון ראשוני על חקר הפילוסופיה של הטבע (Preliminary Discourse on the Study of Natural Philosophy, 1830) מאת ג'ון הֶרשֶל (Herschel), והתרגום האנגלי (1829-1814), Personal Narrative, של ספרו של חוקר הטבע הגרמני אלכסנדר פון הוּמבּוֹלדט.

עניין מיוחד עוררו בו השקפותיו התיאולוגיות של ההגמון ויליאם פֵּיילי (Paley), שאליהן התוודע תחילה כחלק מחומר הלימוד שלו ואחר-כך מתוך קריאה עצמאית. לקראת בחינות הגמר היה עליו לשנן את ספריו של פֵּיילי ראָיות לנצרות (Evidences of Christianity) והפילוסופיה של המוסר (Moral Philosophy). אחרי קבלת התואר קרא את החלק האחרון בטרילוגיה של פֵּיילי, תיאולוגיה טבעית (Natural Theology, 1802), שבו מופיע הטיעון המפורסם כי הסתגלותם של היצורים החיים לסביבותיהם השונות היא מושלמת כל-כך, שהיא מוכיחה את קיומו של אלוהים: איך ייתכן תיכנון מושלם כל-כך, טען פֵּיילי, אלא-אם-כן יצא מתחת ידיו הקפדניות של מתכנן? כשאדם הולך בשביל ומוצא במקרה שעון, יהיו לו כל הסיבות שבעולם לחשוב שהשעון הזה נוצר בידי בעל-מלאכה מיומן על-פי תיכנון או עיצוב מסוים, שכן מנגנונים מורכבים כל-כך אינם מופיעים כך סתם, כמין מעשה כשפים. הם נוצרים בידי יוצר. ובדיוק כפי שאנו תופסים את השעון, טען פֵּיילי, כך עלינו לתפוס גם את העולם סביבנו.

עמדה זו של תיאולוגיה טבעית (natural theology) שלטה בכיפה בקיימברידג' בכל התחומים ושימשה אבן-הפינה ללימוד מדעי הטבע באוניברסיטה, אם כי לא חסרה ביקורת גם עליה. על-פי עמדה זו, האל (הנוצרי) ברא עולם שבו יש לכל דבר מקום משלו וכל דבר תוּכנן כך שימלא כראוי את משימתו – נקודת מבט שהיתה מקובלת מלכתחילה בכל רחבי העולם המשכיל במאות השש-עשרה והשבע-עשרה ונהנתה מתמיכה רבה במיוחד בבריטניה בתחילת המאה התשע-עשרה. העולם הפיזי נתפס כמשהו שבו שולטים חוקי טבע הפועלים כמנגנון מכני מדויק, ואפילו המבנים שביסוד החברה משקפים מעין מנגנון מבוקר ומתוכנן היטב.

באותם ימים נתפס אלוהים אצל אנשים רבים לא בדמות מלך אבסולוטי המשגר אל העולם ניסים וברקים, אלא בדמות אפוטרופוס קפדן ורואה-כל הדואג לפעולתו התקינה של העולם. והאמת היא כי המימסד התרבותי בבריטניה ראה בדרך כלל בתיאולוגיה הטבעית את אחד המחסומים היעילים ביותר נגד תסיסה חברתית, מפני שהיא ביצרה את הרעיונות בדבר הייררכיה יציבה, סַם שכוחו יפה נגד התקוממויות אזרחיות ומרידות. מבחינה זו השתלבה הדוקטרינה התיאולוגית בשלמותה באֶתוֹס הפוליטי והחברתי של בעלי העוצמה בשנים הראשונות של המאה התשע-עשרה – ה"רשת של קיימברידג'", כפי שנהגו לכנותה.

סגנונו הבהיר של פֵּיילי הסב לדרווין עונג רב. "ההיגיון של הספר הזה [ראיות לנצרות], ואם יוּתר לי להוסיף גם של תיאולוגיה טבעית, שימח את ליבי עד מאוד [...] שרשרת הטיעונים הארוכה הקסימה ושיכנעה אותי", כתב באוטוביוגרפיה שלו. מלכתחילה עתיד דרווין לפנות לחקירת הסתגלותם של בעלי-חיים וצמחים לתנאי חייהם בניסיון לספק חלופה לתיכנון המושלם שאותו פֵּיילי היטיב כל-כך לתאר. במובן ספרותי ורגשי יותר, פֵּיילי גם סיפק לדרווין את המילים שבעזרתן יוכל לבטא את התפעלותו מן המורכבות המופלאה של היצורים הטבעיים – 
נצנוצה של כנף חרק או שׂקיקי הצוף הקטנים אשר מתוכן יונקות הדבורים מבסיסי הפרחים. בהמשך דרכו זנח אומנם דרווין את תפיסת האל המתכנן, אבל הוא הצליח לשמר את תחושת הפליאה שאותה למד מפֵּיילי, והוא גם לא לחלוטין יוותר אף לרגע על אותם רגשות דתיים ראשוניים.

 

קיימברידג' כיוונה את מהלך חייו של דרווין במובן נוסף, מפני שבעקבות הקשרים שקשר שם זכה לקחת חלק במסע הימי של הספינה בּיגְל (Beagle). כל אותם אירועי בחרות והוללויות עליזות היו מסתיימים כנראה בלא-כלום אלמלא יצא דרווין למסע הימי הארוך הזה אשר שינה את חייו. מלכתחילה, אחרי בחינות הגמר שעשה בשנת 1831, הוא התכוון רק להעביר את הזמן בנעימים עד שישוב לקיימברידג' בסתיו כדי להתחיל את הכשרתו התיאולוגית. בהשראת תיאורי המסע של אלכסנדר פון הוּמבּוֹלדט הוא ביקש לצאת עם הֶנסלוֹ לאי טֶנֶריף במסגרת משלחת מחקר, אבל התיכנון הסתבך ובסופו של דבר המסע לא בא לידי מימוש. באותו קיץ מצא אפוא דרווין תעסוקה כעוזר לידידו המקצועי האחר, אדם סֶדג'וויק, בעבודת שטח שנועדה לבדוק את הסלעים הקדומים ביותר הידועים בוֵויילְס. סדג'וויק לימד אותו גיאולוגיה בשטח, וערך לו היכרוּת עם הנימוקים שעליהם מתבססות החלטות מדעיות תקֵפות. אותם שבועיים נטעו בדרווין חיבה מתמשכת לתיאוריות גיאולוגיות בקנה-מידה גדול. ואז, מכאן יצא לבית הכפר של דודו, לעונת הציד של אוגוסט.

עם שובו לשרוּסבּרי מצא דרווין מכתב מהֶנסלוֹ, ובו הצעה לצאת למסע סביב העולם על ספינת חקר בריטית, ספינת הוד מלכותו בּיגְל. ההזמנה עברה כמה וכמה ידיים והיתה מאוד לא שיגרתית, גם לזמנה שלה. היא יצאה מתחת ידיו של הקברניט רוברט פיצרוֹי (Fitzroy, 1885-1805), שביקש את רשותו של ההידרוגרף של האדמירליות הבריטית לקחת איתו איש משכיל שיידע לנצל את המסע לאיסוף דגימות מן הטבע. אותו אדון, הציע פיצרוֹי, יהיה אורחו, יתגורר במגורי הקברניט, ומצפים ממנו כי ישלם תמורת הנסיעה. הואיל ואנשי השלטון, המינהל הימי והאוניברסיטאות הוותיקות היו חלק אינטגרלי מן האליטה החברתית של אותם ימים, ההצעה הועברה לעיונם של כמה וכמה פרופסורים מקיימברידג'. בשלב מסוים אפילו הנסלו עצמו שקל לצאת למסע, וכמוהו גם לנארד גֶ'נינס. אבל שניהם החליטו שההתחייבויות שלהם לקהילה לא יאפשרו להם לעשות זאת. ואז עלה בדעתו של הנסלו שדרווין הוא "בדיוק האיש הדרוש" להם. לא היתה זו הצעה למישרה רשמית, ואף לא הצעה להיות חוקר הטבע של הספינה, אם כי בסופו של דבר זה מה שקרה. רוברט פיצרוֹי עצמו היה איש צעיר, מבוגר מדרווין רק בארבע שנים, שגילה עניין עמוק במדע ובהתפתחויות החדשות הקשורות לניווּט הימי. הוא האמין שהנסיעה הזאת תהיה הזדמנות פז לקדם את המדע הבריטי.

תחילה סבר ד"ר דרווין כי בנו צריך לסרב להצעה. התוכנית כולה אינה אלא "רעיון פרוע", הוא הכריז. צ'רלס המאוכזב העלה על הכתב את ההתנגדויות של אביו. בראש ובראשונה, יש בכך "כדי להוציא שם רע לאופיי כאיש כמורה מעתה ואילך [...] לעולם לא אצליח להשתקע בחיים יציבים [...] עליך לראות בכך שינוי כיוון מקצועי נוסף [...] זו תהיה משימה חסרת תועלת". למרבה המזל, גיסו של ד"ר דרווין, ג'וֹזַאיָה וֶדג'ווּד השני, הצליח לשכנע את האב לשנות את דעתו. יתר ימי הקיץ חלפו בהכנות קדחתניות לנסיעה. "מסע הביגל היה ללא ספק האירוע החשוב ביותר בחיי, והוא שקבע את מהלך דרכי המקצועית", הצהיר דרווין באוטוביוגרפיה. עד סוף ימיו הוא לא חדל להתרגש מאותה חוויה יוצאת-דופן.

כיום קשה לזכור כי תכליתו של אותו מסע מפורסם לא היתה לקחת את דרווין לטיול סביב העולם אלא למלא את הוראות האדמירליות הבריטית. הספינה נשלחה כדי להשלים ולהרחיב סקר הידרוֹגרפי שכבר החל קודם לכן בחופי אמריקה הדרומית, בין השנים 1830-1825. פיצרוֹי הצטרף לצוות של בּיגל כאשר מלאו שנתיים לאותו סקר. האזור היה חשוב בעיני השלטון הבריטי מסיבות מסחריות, לאומיות וימיות, ולכך נוספה שאיפתה הנלהבת של האדמירליות לקדם את המחקר המדעי המעשי ולערוך מיפוי מדויק של נתיבי הים והנמלים הבטוחים. בתקופה השקטה שאחרי המלחמות הנפוליאוניות שלח משרד ההידרוֹגרף הממשלתי משלחות סקר רבות שנועדו לקדם ולנצל את האינטרסים הבריטיים מעבר לים. העניין שגילה פיצרוֹי במדע עודד אותו לצייד את הספינה לקראת מסעה השני בכמה מכשירים מתוחכמים ובכמה וכמה כרוֹנוֹמטרים, לרישום קווי האורך סביב העולם.

המסע נמשך מדצמבר 1831 ועד אוקטובר 1836, ובמהלכו ביקרה הספינה באיי קייפּ וֶרְד (קאבּוֹ וֶרְדֶה), איי פוֹקלֶנד, מקומות רבים לאורך חופי אמריקה הדרומית ובהם ריוֹ דֶה זַ'נֵירוֹ, בּוּאֶנוֹס אַיירֶס, ארץ האש, וַלְפָּרַאִיסוֹ והאי צִ'ילוֹאֶה, ואחר-כך איי גָלַאפָּגוֹס, טַהיטי, ניו-זילנד, ביקור קצרצר באוסטרליה ובטַסְמַניה, איי קוֹקוֹס שבאוקיינוס ההודי, ולסיום, כֵּף התקווה הטובה, סנט הֶלֶנָה והאי אַסֶנְסְיוֹן. דרווין ערך כמה מסעות יבשתיים משלו באמריקה הדרומית, ובהם גם מסע לחציית האַנְדים. בכל הזדמנות ביקש מפיצרוֹי להוריד אותו בחוף ולאסוף אותו בנקודות אחרות שונות.

בשל פירסומו הרב של המסע קופחה במידה רבה דמותו של הקברניט רוברט פיצרוֹי. הספרות נוהגת להציג אותו כקריקטורה של אדם המנופף בכתבי הקודש, אבל הוא לא היה כזה כלל וכלל. יש אומנם סמליות בוטה בעובדה ששני אנשים, האחד מאמין דתי בכל ישותו והאחר אדם שעתיד לנפץ את נוכחותו של האל בטבע, הקיפו יחדיו את העולם. אלא שפיצרוֹי היה גם גיאולוג חובב נלהב, שהחזיק בהשקפות מתקדמות ומנותקות מכתבי הקודש. הוא העניק לדרווין את הכרך הראשון של ספרו פורץ-הדרך של צ'רלס לַייאֶל (Lyell) עקרונות הגיאולוגיה (The Principles of Geology, 1833-1830) ודן עימו בכמה מן התיאוריות שהוצגו בו. במהלך המסע קיבל דרווין גם את שני הכרכים האחרים. רק יותר מאוחר הפך פיצרוֹי לפוּנדָמֶנטָליסט תנ"כי מוצהר. אין כל הוכחה לכך שהשניים היו חלוקים בשאלות דת על סיפון הספינה, אם כי מהדברים שכתבו ברור שלפעמים התגלעו מתחים ביחסים האישיים ביניהם. הם התווכחו, פעם או פעמיים אפילו ויכוח סוער, אך המחלוקת ביניהם נסבה סביב ענייני נימוסים והליכות ולא סביב שאלות דתיות.

ככלל, הם הסתדרו ביניהם יפה מאוד. דרווין סעד בדרך כלל על שולחנו של הקברניט ושוחח עימו על כל מיני דברים כידיד. את התא ואת חלל העבודה שלו חלק עם שני קצינים זוטרים, קצין אונייה ועוזר-סוקר בשם ג'ון לוֹרְט סְטוֹקס, ופרח קצונה בן ארבע-עשרה בשם פיליפ גידְלי קינג. בדרכם הביתה כתבו דרווין ופיצרוֹי יחדיו מאמר קצר לעיתון ובו העלו על נס את עבודתם של המיסיונרים האנגליקנים בטַהיטי. התמונה המצטיירת בדמיון – דרווין יושב בדד עם מחשבותיו על סיפון הבּיגל או מתווכח עם הקברניט בשאלות דת, נַטוּרָליסט בודד המשייט לו בימים מוזרים של מחשבה – מושכת אולי את הלב אבל היא נכונה באופן חלקי בלבד.

 

חמש השנים שבהן היה דרווין במסע של הספינה בּיגל עיצבו את אישיותו. הוא בילה בהן בדהרה על סוסים שׂכוּרים, בהקמת מחנה במקום חדש מדי לילה, בציד בעלי-חיים לצורכי סעודה בחברת נוסעי האנייה האחרים, בשיחות על חדשות שהגיעו מהבית, בשעשועים; הן היו מעין הארכה של חיי הדרור שחי כסטודנט בקיימברידג'. לאמיתו של דבר, סביר מאוד שנבחר לצאת למסע דווקא בזכות אותה חביבות שאחר-כך איפשרה לו לקחת חלק בפעילויות על סיפון הספינה והשתלבה יפה עם הרקע התרבותי שממנו בא ועם מיומנותו בקליעה ובציד. והוא זכה להזדמנויות רבות שבהן יכול היה להפגין את היכולות הללו. במוֹנטֶווידֵיאוֹ צעדו נוסעי הבּיגל העירה חמושים מכף רגל עד ראש כדי לדכא התקוממות פוליטית. בטַסְמַניה הם האזינו לקונצרט מעודן. בקצווי הדרום כמעט התהפכה להם הספינה בעקבות התבקעות של קרחון. פעם, כשהיו ביער סמוך לקוֹנסֶפּסיוֹן שבצ'ילֶה, חש דרווין כי האדמה רועדת תחת רגליו בזמן רעידת אדמה רצינית. הוא שׂחה בלָגוּנוֹת אלמוגים, הוקסם משירת הציפורים ביער טרוֹפּי, צפה בכוכבים מראש מעבר-הרים בקוֹרדילייֶרָה דֶה לוֹס אַנדֶס. בברזיל רתח מזעם לנוכח העבדות, שהיתה עדיין חוקית תחת שלטון הפורטוגלים, ומנה ביומנו כמה סיפורי זוועה: עובדות כה מבחילות, הוא כתב, עד שאילו שמע אותן באנגליה היה חושב שמישהו בדה אותן מליבו כדי להעצים את הרושם העיתונאי.

ולאורך המסע כולו הוא הפגין התלהבות שכבשה את ליבם של פיצרוֹי ושל קציני הספינה האחרים. הם הדביקו לו את הכינוי "פילוֹס" – 
קיצור ל"פילוסוף הספינה" – ולפעמים גם "לוכד הזבובים", והקניטו אותו בגלל אוסף האבנים שצבר על הסיפון. לאורך כל חמש השנים שמר דרווין על מזגו הטוב ועל נועם הליכותיו – הישג לא מבוטל בספינה קטנה שעליה מצטופפים שבעים וארבעה גברים ונערים. רק מחלת הים עירערה את רוחו. הוא לא הצליח בשום אופן להתרגל לתנועת הספינה בלב ים, והבחילה הפילה אותו למשכב שוב ושוב. הקברניט ושותפיו לתא גילו אהדה רבה למצוקה שלו.

הוא היה גם חופשי לחקור את כל הענפים השונים של אהבתו לטבע והתייחס במלוא הרצינות לאחריות שנטל על עצמו. הוא אסף ציפורים, בעלי-חוליות, חסרי-חוליות, יצורים ימיים, חרקים, מאובנים ודגימות אבנים, וכן אוסף לא מבוטל של צמחים. כל האוספים הללו נשלחו בסדירות אל הֶנסלוֹ בקיימברידג', וזה שמר עליהם עד שובו. היה זה אוסף נאה שכלל הרבה מינים לא-רגילים וחדשים, אך ראוי לציין שכנראה לא היו זוכים למעמד כה נכבד במוזיאונים ובמוסדות המחקר של היום אלמלא הפירסום שזכה לו דרווין לימים. הוא גם ניתח יצורים, התבונן בהם מבעד לעדשת המיקרוֹסקוֹפּ שבתאו ותיעד את מימצאיו. הוא ערך ללא הרף תצפיות מקיפות ובחן מקומות גידול, דפוסי התנהגות, דגמי צבע, תפוצה וכדומה, ורשם תיעוד קפדני שאחר-כך יהיה הבסיס לכמה ספרים ומאמרים שאותם יכתוב עם תום המסע. הוא כתב לאחיותיו ולידידיו על הסיפוק העצום שגרמה לו העשייה הזאת: "במבט לאחור, אני מבין עתה כיצד אהבָתי למדע הלכה וגברה לאט-לאט על כל טעם אחר", אמר בשלהי חייו. באותן שנים הוא הכשיר את עצמו להתבונן – להסתכל בפרטים בתשומת לב רבה – ולתעד. במבט לאחור, ההיבט החשוב ביותר של המסע היה אולי לא אוסף הדגימות העצום שהביא עימו, המַראות, הסכנות, או אפילו ההבשלה האישית והידידויות שחווה, אלא ההזדמנות לעמוד על המיגוון העצום של עולם הטבע ולהבין אותו לעומקו. עם שובו לאנגליה הוא הפסיק לצאת לצייד. כפי שכתב באוטוביוגרפיה, "גיליתי, אם כי בצורה לא מודעת ולא מושכלת, שהעונג הטמון בהתבוננות ובחשיבה גדול הרבה יותר מזה הטמון בזריזות ובמיומנות ובפעילות ספורטיבית". שפע המקומות והאנשים השונים שראה, והמיפגש עם מיגוון כה עצום של מקומות גידול וצורות חיים, חרתו בו רושם בל-יימחה. המקום הבולט שתפס לימים כחוקר טבע התבסס בסופו של דבר על אותם ימים ארוכים וקפדניים שבהם למד להתבונן ולהגות בשפע הפזרני הקיים בטבע.

יש אפוא להעניק את המשקל הראוי להתפתחותו המנטאלית של דרווין באותו מסע. צעירים רבים האזינו להרצאות של גראנט ושל ג'יימסון ושל סדג'וויק, חובבים רבים ליקטו בשקיקה דגימות מן הטבע, אבל רק מעטים מהם שאלו את סוג השאלות שלמד דרווין לשאול. לפעמים הוא ראה יצורים שהסתגלו להפליא לאורח חייהם, ממש כפי שתיאר ויליאם פֵּיילי; אלא שהיו גם יצורים "מתוכננים" בצורה מאוד לא מוצלחת. רבות מן הבעיות הללו התגלו לו במלואן רק אחרי שובה של הספינה בשנת 1836. ובכל זאת, במבוא למוצא המינים הצהיר דרווין כי שלושה מימצאים מן המסע הם נקודת המוצא לכל השקפותיו. היו אלה המאובנים שחפר ומצא בפָּטָגוֹניה, דפוסי התפוצה הגיאוגרפיים של הרִיאָה (יען) הדרום-אמריקאי, וחייהם של היצורים באַרכיפֶּלַג של גָלַאפָּגוֹס.

המאובנים היו מימצא יוצא-דופן. שרידים אלה של יונקים ענקיים שנכחדו, שהתגלו סמוך לבַּהִיָה בְּלַנקָה (מדרום לבּוּאֶנוֹס אַיירֶס), זוהו לימים על-ידי מומחי המוזיאונים של לונדון כשייכים למינים שלא היו מוכרים עד אז – מֶגָאתֶריוּם, טוֹקסוֹדוֹן וגְליפּטוֹדוֹנט. דרווין ציין כי בעלי-החיים הנכחדים האלה היו בנויים פחות או יותר על-פי דגם המיבנה האנטומי של יצורי הפַּמְפָּס המודרניים. דומה כי התקיים רצף של "טיפוס" בעל-חיים על-פני תקופות זמן ארוכות. ואז, בקצה הדרומי המרוחק ביותר של ארגנטינה של היום, הוא אסף מין של רִיאָה (המוכר היטב לתושבים המקומיים), שהיה קטן לעומת הצורה הנפוצה בצפון.

דרווין אהב לספר סיפור מבדח על הגילוי של הרִיאָה הזאת. צוות הספינה לכד עוף אחד לצורכי בישול, ורק אחרי שנאכל עד מחציתו נוכח דרווין כי זהו מין בלתי מוכר הנחוץ לאוסף שלו. החלקים שנותרו מאותו עוף קיבלו אחר-כך, לכבודו, את השם Rhea darwinii (לימים שינו את השם). לאחר מכן השתמש בשני סוג הרִיאָה כדי להדגים את העובדה שמינים קרובים מאוד זה לזה אינם חיים בדרך כלל באותו אזור – נוכחותו של האחד מוציאה את אפשרות נוכחותו של האחר. לדעתו היה בזאת כדי להעיד על כך שקיים סוג מסוים של קשרי משפחה, על ציר הזמן או במרחב הגיאוגרפי. הוא החל לשאול את עצמו מדוע אמורים להתקיים קשרים כאלה.

הספינה הפליגה הלאה והלאה, ועימה גם מחשבותיו של דרווין. בספטמבר 1835 עזבה את אמריקה הדרומית ויצאה אל מרחבי האוקיינוס השקט. תחנתה הראשונה היתה באיי גלאפּגוֹס. בביקורה בן חמשת השבועות של הבּיגל באיי גלאפּגוֹס לא הבחין דרווין, למרבה האירוניה, בגיווּן הרב של המינים, למרות שנציג השלטון האנגלי באי צ'רלס (איסְלָה סנטה מריה) דיווח לו כי צַבּי הענק הם ייחודיים לאי. עם זאת, הוא התרשם עמוקות מכל מה שראה באיים. הוא היה מרותק לאיגוּאַנוֹת ששרצו ביבשה ובחוף, לצַבּי הענק, לחקייניוֹת (mocking birds) ולסוּלוֹת (boobies). גם הנוף הגעשי הצחיח והעצים המוזרים, העטורים חזזיות, הילכו עליו קסם.

ארבע-עשרה פיסות האדמה הזעירות של הארכיפֶּלַג נמצאות ממש על קו המשווה, ומי הדרום הקרים הביאו אל חופיהן כלבי-ים פרוותיים ופינגווינים. רובם נמצאו בטווח ראייה זה מזה, אך הפרידו ביניהם מרחבי מים עמוקים והרי-סכנות. בעלי-החיים והציפורים לא היו רגילים לפולשים אנושיים, וכשאלה הגיעו, התייחסו אליהם באמון רב. בעיני אנשי הבּיגל היה זה כמעט מיפגש עם גן-העדן המקראי. דרווין רכב על צב ים, אחז איגוּאַנָה בזנבה, והתקרב אל נץ אחד עד כדי כך שעלה בידו להדוף אותו בעזרת הרובה שלו מן הענף שעליו ישב.

את כל מיני הציפורים שאסף צרר דרווין בצרור אחד. לא עלה בדעתו שיש חשיבות למיקומו של כל מין. הוא הבחין אומנם שהמינים של החקייניוֹת שונים מאי לאי ושונים גם ממקביליהם ביבשת עצמה, והתופעה נראתה לו מספיק חשובה כדי לציין אותה ברשימות האוֹרְניתוֹלוֹגיוֹת שלו חודשים אחדים לאחר מכן, בהפלגה חזרה. ככל הנראה הוא חשב שהציפורים הן זנים (varieties) גיאוגרפיים של מין דרום-אמריקאי אחד או יותר – והוא הירהר בבעיה באחת מן ההערות האורניתולוגיות שלו:

כשאני רואה את האיים האלה, הנמצאים בטווח ראייה זה מזה וכוללים מצאי מוגבל בלבד של חיות, איים המאוכלסים בציפורים האלה, השונות במקצת במיבנה גופן אך תופסות אותו מקום בטבע, עלי לחשוד שאין אלה אלא זנים [...] אם קיים ולוּ הבסיס הקלוש ביותר להערות אלה, כי אז יהיה זה ראוי בהחלט לחקור את הזואולוגיה של הארכיפלג הזה; מפני שעובדות כאלה עשויות לערער את יציבות המין.

בקֵייפּטאוּן, ביוני 1836, הוא שוחח עם האסטרונום הדגול ג'ון הֶרשֶל (Herschel), שחי באותם ימים בדרום אפריקה במטרה לצפות בשמי חצי-הכדור הדרומי. השניים שוחחו אולי על בריאת המינים באמצעות חוקי הטבע, אם כי קשה להניח שהרשל העלה אז על דעתו את האפשרות שקיים מוצא טבעי למינים הביולוגיים. הוא קרא זמן לא-רב קודם לכן את עקרונות הגיאולוגיה של לַייאֶל. הרשל, שהכיר את לַייאֶל באופן אישי, כתב לו שמוצא המינים בעיניו הוא חידה אלוהית, "חידת החידות", כפי שעתיד דרווין לנסח זאת לימים.

 

גורם נוסף באותו מסע עתיד להיות בעל משמעות רבה, אף-על-פי שדרווין אינו מתייחס אליו כלל במוצא המינים. אוכלוסיות האדם המגוּונות שאותן פגש הסעירו ללא הרף את מחשבתו, והדברים שכתב לאורך מסע הבּיגל כוללים התייחסויות ססגוניות לגַאוּצ'וֹס, שעימם חצה את ארגנטינה, לאינדיאנים של פָּטָגוֹניה, לבני טַהיטי החסונים והשלווים, למַאוֹרים עזי-הנפש ולאַבּוֹריג'ינים של אוסטרליה, וכמובן גם למיסיונרים, למתיישבים ולעבדים. לכל אורך המסע ביטא את ההשקפה שכל בני-האדם הם אחים מתחת לעורם.

אחד הגורמים המהותיים בדעותיו ההולכות ומתגבשות בדבר אחדותה של האנושות היה התנגדותו העזה לכל צורה של עבדות. התנגדות פוליטית לעבדות היתה חלק בלתי-נפרד מהשקפת העולם של משפחתו: אֶרַסְמוּס דרווין הראשון פעל נמרצות למען שיחרור העבדים בבריטניה, ושיריו היללו בפומבי את המדליה המפורסמת של ג'וֹזַאיָה וֶדג'ווּד, שעליה נחרת המוֹטוֹ "האם לא אדם אני ואח?".[1] אביו של דרווין, אחיותיו ובני-הדוד שלו – כולם היו שותפים כמוהו לתנועות של ראשית המאה התשע-עשרה למען ביטול העבדות. מסעה של הבּיגל נערך בדיוק בתקופה שבה תנועות ההמונים הפילאנתרוֹפּיוֹת האלה הגיעו לשיאן בבריטניה, עם "חוק השיחרור" של 1832.

הפעם היחידה שבה דרווין ממש כעס על קפטן פיצרוֹי היתה בזמן אירוע באחת האֶסטַאנסיות (אחוזות) הגדולות בברזיל, שם כינס בעל העבדים את עבדיו ושאל אם הם שואפים להיות חופשיים. לא, ענו כולם. כאשר פיצרוֹי ודרווין שוחחו על כך בתא שלהם לאחר מעשה, פיצרוֹי סבר שתגובתם היתה אוֹתנטית לחלוטין, ואילו דרווין השיב בחום שאין בעולם עבד שיעז לומר דברים אחרים. הקפטן יצא בסערה מן התא ואמר כי שוב לא יוכלו לחיות יחד. במקרה אחר זכה דרווין להצצה אקראית אל עולמם של העבדים: יום אחד, בברזיל, חצה את הנהר במעבורת שהושטה בידי אדם שחור. כאשר נופף בזרועותיו בלי משים כדי לכוון את השייט, נדהם לראות כיצד האיש מתכווץ מפחד, מפני שחשב שהוא עומד להכות אותו.

אבל המיפגש המטלטל ביותר של דרווין היה עם תושביה הילידים של ארץ האש, טייֶרָה דֶל פוּאֶגוֹ, שייטי קאנוּ שנראו לו כאילו אין להם שום משאבים פרט ליכולת להדליק אש, אותה יכולת שבגללה נתן מָגֶלָן לאזור את שמו. הוא היה המום כשראה אותם לראשונה באוהלים הרעועים שלהם: "מראה של עבד עירום בארץ מולדתו הוא אירוע שלא יישכח לעולם", כתב באוטוביוגרפיה. ההלם שחווה באותה הזדמנות רק גבר כאשר השווה את האנשים הללו לשלושה מילידי ארץ האש שאותם פיצרוֹי הביא עימו לאנגליה במסעה הקודם של הבּיגל, ועתה חזרו למולדתם על סיפון אותה ספינה כדי לאייש תחנת מיסיון שפיצרוֹי עמד להקים באזור שממנו נלקחו, בלב טייֶרָה דֶל פוּאֶגוֹ. בעת שהותם בלונדון קלטו השלושה במהירות את השפה ואת המנהגים המקובלים באירופה, רכשו השכלה אצל כומר, ואף הצטרפו לכנסייה האנגליקנית. דרווין נדהם למראה ההבדל בינם לבין השבטים שמהם באו. ביומן המסע שלו רשם דרווין: "לא הייתי מסוגל להאמין כמה עצום ההבדל בין האדם הפראי לבין בן התרבות. הוא גדול יותר מן ההבדל בין בעל-חיים פראי לבעל-חיים מבוית". העובדה שפראים כמעט גמורים יכולים לעבור תהליך של תירבות (כפי שראה זאת דרווין) חיזקה את אמונתו כי מתחת לעור, כל בני-האדם הם בני אותו מין ביולוגי. ואמונה זו המשיכה להיות מחויבות מרכזית בחייו. והנה, במהלך ביקורה של הבּיגל בדרום הרחוק התאכזבו דרווין ופיצרוֹי כאשר גילו כי שלושת הנוצרים ילידי ארץ האש חזרו חיש מהר למצבם האַבּוֹרִיגִ'יני. הסממנים החיצוניים של הציוויליזציה אינם אלא תופעה חולפת, הירהרו שני הנוסעים.

 

אבל חשובה מכל היתה התמקדותו של דרווין בגיאולוגיה. הוא נהנה לקרוא את הסכֶמוֹת התיאורטיות הגדולות שהופיעו בעקרונות הגיאולוגיה של לַייאֶל, והתרגש לגלות כי לייאל אינו רואה בתנ"ך מקור סמכות שיש בו כדי להסביר את ההתפתחות הגיאולוגית של כדור-הארץ. רבים סברו כי זהו ספר רדיקלי מבחינה תיאולוגית. הֶנסלוֹ המליץ לדרווין לקרוא אותו אך הקפיד לייעץ לו "לא לקבל בשום אופן את ההשקפות המוצגות בו". מה שהטריד את הֶנסלוֹ – ומה שעתיד דווקא למשוך כל-כך את ליבו של דרווין – היתה אמירתו הנחרצת של לייאל שהשינויים המתחוללים על-פני כדור-הארץ אינם בהכרח פרוגרסיביים בטבעם. פני השטח של כדור-הארץ, סבר לייאל, משתנים ללא הרף, אבל השינויים אינם תוצאת כוונה מסוימת שמכַוון אלוהים לקראת נקודה עתידית כלשהי. בשעתו רק מעט מאוד גיאולוגים האמינו שכדור-הארץ אכן נוצר בששת ימי הבריאה. הם ראו בסיפור המקראי מֶטָפוֹרה לשלבים שאותם כדור-הארץ עבר כנראה מימיו הראשונים ועד היום. אלא שרוב הגיאולוגים קישרו את הרצף הזה אל המיתווה הכללי של תולדות כדור-הארץ על-פי המסורת היהודית-נוצרית – כלומר, ההשקפה שעל-פיה כדור-הארץ נברא על-פי דבר האל ועוצב צעד-צעד במהלך שישה או שבעה שלבים כדי לאכלס אותו בבני-אדם.

לייאל התנגד להשקפה זו, ובספרו עקרונות הגיאולוגיה טען כי פני השטח של כדור-הארץ אינם מלמדים על שלבים כאלה. הארץ עוברת ללא הרף אינספור שינויים זעירים, מצטברים, כתוצאה מכוחות הטבע הפועלים בצורה אחידה לאורך תקופות ארוכות ביותר. ברובם הגדול השינויים האלה הם קטנים כל-כך, שבדרך כלל אין האדם מסוגל להבחין בהם. אבל כיוון שהם חוזרים על עצמם שוב ושוב במשך עידנים רבים, הם מצטרפים לכלל שינויים ניכרים. לייאל הדהים את עמיתיו באמירה הנחרצת שכדור-הארץ קדום לאין שיעור, שאין לו ראשית ואין סימן לאחרית, והוא ימשיך להתקיים עד אינסוף במחזורים גיאולוגיים לא-נגמרים, המתאפיינים בהתרוממות ושקיעה של גושי אדמה יחסית לגובה פני הים. אין כיווּן או התקדמות מידי שמים. הפילוסוף הגדול ויליאם יוּאֶל איש קיימברידג', שגילה עניין רב בגיאולוגיה, כינה את הגישה הזאת לכדור-הארץ בשם "אוּניפוֹרמיטַרְיאָניזְם".

לפי הערכתו של לייאל הגיאולוגיה כוללת גם את מה שאנו מכנים היום "ביולוגיה". הוא טען שאין גם קבוצות רצופות של בעלי-חיים וצמחים, ושכל מין ביולוגי נוצר לאיטו, צעד אחר צעד. תפיסה זו הציבה אותו באופן חזיתי אל מול דילֶמָה לוגית. מהדרגתיוּת בגיאולוגיה נובעת הדרגתיוּת בביולוגיה – אם הסלעים משתנים לאיטם ברשת של שינויים שאין בה גבולות מוגדרים, הרי שינוי כזה עשוי להופיע גם אצל בעלי-החיים והצמחים. אבל מאחר שלייאל לא היה מוכן לקבל שום צורה של טְרַנסמוּטַציה אצל יצורים חיים, הוא נקלע במהרה אל תוך סבך של סתירות. וכדי להוכיח כי הוא לא מאמין בעניינים אֶבוֹלוּציוֹניים, הוא יצא למתקפה ארוכה וחריפה על לַמארק.

כל העדויות מלמדות על כך שדרווין קרא את המתקפה הזאת בעניין הולך וגובר: בדרך השלילה הוא נחשף באמצעותה למידע אֶבוֹלוּציוֹני העתיד למלא תפקיד חשוב בהתפתחותו האינטלקטואלית. מאז יחסו הנלהב של רוברט גראנט באֶדינבּוֹרוֹ ועד להתנגדותו של צ'ארלס לייאל בפָּטָגוֹניה, דרווין זיהה את הרגשות העזים – ואת העוֹינוּת – שרעיון הטְרַנסמוּטַציה הצליח לעורר אצל אנשים.

הוא המשיך לעיין בשקיקה בכתביו של לייאל והשתמש ברעיונות הגיאולוגיים שלו כדי להסביר את הצורות היבשתיות שראה; הן סיפקו לו את התשתית לשלושת הספרים שכתב לאחר מכן על הגיאולוגיה של דרום אמריקה. פה-ושם מצא למיבנים גיאולוגיים הסברים נועזים שלדעתו היו מוצלחים יותר מרעיונותיו של לייאל. אחד מאלה היה התיאוריה על מקורן של שוּניוֹת האלמוגים. הסבר אחר ניסה לתרץ את התרוממותה החדשה-יחסית של שרשרת הרי הקוֹרדילְיֶירָה. ברובד עמוק יותר הוא גם אימץ את עקרון השינוי ההדרגתי של לייאל. "מדע הגיאולוגיה חב חוב עצום ללייאל, כך אני מאמין, יותר מאשר לכל אדם אחר שחי אי-פעם," הוא כתב באוטוביוגרפיה שלו. והוא גם הודה בתרומתו של לייאל במכתב פרטי שכתב אחרי שובה של הבּיגל:

אני מרגיש תמיד כי ספרַי כמעט נולדו מתוך מוחו של לייאל, וכי מעולם לא הודיתי בכך במידה מספקת [...] לזכותו הגדולה של עקרונות הגיאולוגיה ייאמר שהיה בספר הזה כדי לשנות כליל את האופן של מחשבתי, ולפיכך, כאשר הייתי נתקל בדבר שלייאל לא ראה מעולם, יכולתי במידת-מה לראות אותו מבעד לעיניו.

אפשר אולי לומר שאלמלא לייאל לא היה דרווין: לא היו תובנות אינטלקטואליות, לא היה מסע הבּיגל כפי שהוא נתפס היום. מחשבותיו של דרווין החלו לחוג סביב רעיון השינויים הקטנים המצטברים ויוצרים שינויים גדולים. בכך הוא עשה את אחד הצעדים התפיסתיים החשובים ביותר במסעו האישי. עד סוף ימיו הוא האמין בכוחם של שינויים קטנים והדרגתיים. בימים הבאים, כאשר עבד על תורת האבולוציה, הוא השתמש באותה תפיסה של שינויים קטנים ומצטברים כמפתח למוצא המינים.

 

סוף-סוף יצאה הבּיגל למסעה הביתה, ודרווין החל לסקור את הרעיונות שרכש במהלך המסע. כל הראיות מלמדות כי לא פיתח תיאוריה של אבולוציה במהלך המסע עצמו. אבל הוא חזר כשראשו מלא וגדוש רעיונות ושאיפות מדעיות, נחוש להכניס סדר בשפע המידע שרכש. מעטים הם האנשים הצעירים שזכו כמוהו לראות את העולם כולו. הוא התרשם עמוקות מן הגודש של הטבע, מן הצבעים, מן המיגוון ומן השפע מצד אחד, ומן המאבק הקשה והאכזריות מצד שני. ואף כי החל בהדרגה לפקפק בכך שהתנ"ך הוא מקור סמכות המתעד אירועים שהתרחשו בפועל, הוא לא היה מוכן לוותר כליל על אמונתו הדתית, אולי דווקא בגלל אותה התפעמות עמוקה מפלאי הטבע. כשעמד בלב יער-העד בברזיל, הצהיר: "אין כל אפשרות להעביר בצורה הולמת את התחושות הנעלות של פליאה, הערצה ודבקות הממלאות את הלב".

הוא חשב גם על העתיד. במהלך חלקו הגדול של המסע עדיין התעתד כנראה לפתוח בקריירה של כומר כפרי, אם כי הרעיון משך את ליבו פחות ופחות ככל שגבר ביטחונו ביכולתו כחוקר טבע. ובאמת לקראת הסוף כתב לאחיותיו כי הוא מקווה לעסוק בתולדות הטבע כמקצוע וכי הוא מקווה שיתקבל בקהילה המדעית כשווה בין שווים. בדומה ללייאל, הוא שאף להיות ג'נטלמן-חוקר עצמאי שעיתותיו בידו לכתוב ספרים ולעסוק בנושאים המעניינים אותו, בלי להיות כבול לאוניברסיטה מסוימת כמו הֶנסלוֹ, וגם לא לחסוּת כנסייתית כמו פוֹקס. בעוד תמונת הקהילה הכפרית בלב השדות הירוקים של אנגליה הולכת ומתמוססת, נרמזה לו אפשרות חדשה בדמותו של לייאל. "נראה לי כי לעשות את המעט שיכול אדם לעשותו כדי להגדיל את מאגר הידע – זוהי מטרה נאה יותר מכל אחרת שאותה יכול האדם לבור לו בחייו", כתב במכתב אחר. שינוי זה בשאיפותיו נשען על הביטחון שיש לו דברים חדשים וראויים לומר. והשינוי הזה הסתמך גם על רצונו הטוב של אביו, למסור לידיו את הירושה המיועדת לו.

דרווין ירד לרציף נמל פַאלמוּת באוקטובר 1836, והוא אדם שונה מזה שעלה על סיפון הבּיגל חמש שנים קודם לכן, אבל עדיין לא אֶבוֹלוּציוֹניסט.